- 2017.01-2017.12计算生物学的若干问题研究，引智项目，负责人 项目编号：C2017021,
- 2014.01-2016.12 基于机器学习的蛋白质翻译后修饰位点预测的研究 国家自然科学青年基金 负责人 项目编号:11301024,
- 2016.01-2016.12整合成多标签学习问题的蛋白质修饰研究，基础科研业务费 负责人 项目编号: FRF-BR-15-075A,
- 2017.12-2018.11多示例多标签学习在蛋白质组学中的研究与应用，基础科研业务费 负责人 项目编号： FRF-TP-17-024A2,
- 2018.01-2018.12 深度学习前言与应用 引智项目，负责人 项目编号：C2018033,
- 2017.01-2020.12基于多标签学习的蛋白质翻译后修饰位点预测 国家自然科学基金面上项目 负责人 项目编号: 11671032,
- 2019.10-2020.06 基于机器学习的****软件 负责人,
- 2020.08-2023.07基于大数据智能的非公经济群体感知与服务辅助技术研究与应用 科技部重大项目2030计划“新一代人工智能（2030）” 子课题负责人，项目编号：2020AAA0105100,
- 2021.01-2024.12蛋白质翻译后修饰的深度特征学习及预测 国家自然科学基金面上项目 负责人 项目编号: 12071024,
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