国家自然科学基金重点基金（参与）“碳酸盐岩风化成土的地球化学过程和环境变化”，1999-2002,

博士后基金和中科院王宽诚博士后奖励基金（主持）“中国亚热带富稀土景观中稀土元素的分布、分异机制及生态效应”，2001-2003,

国家自然科学基金重点项目（参与）“农田重金属污染的环境生物地球化学过程与植物修复机理”，2003-2005,

科技部科研院所社会公益基金（横向项目，参与）“我国历代疫病的时空分布规律与地理环境研究”， 2004-2006,

国家自然科学基金面上项目（负责人）“岩溶生态系统对大气CO2平衡和海水Sr同位素变化的影响”，2005-2007,

新世纪人才工程北京市人选培养经费项目（主持）“藻类在生物修复过程中的离子组学研究”，2007-2009,

北京市优秀人才项目（主持）“复合污染的生物地球化学过程和生物修复”， 2005-2007,

国家重大研发计划（973项目，参与）“西南卡斯特山地土壤侵蚀过程与水土流失的危险度评价”，2007-2011,

北京市教委项目（主持）“北京湿地重金属沉积地球化学过程及其环境效应“， 2009-2010,

国家自然科学基金面上项目（主持）“西南喀斯特地区临界带的风化侵蚀与碳循环”，2011-2013,